O núcleo interfásico é o compartimento onde o DNA, embora disperso como cromatina, permanece organizado espacialmente de modo a permitir leitura gênica, replicação e proteção do material genético, e essa organização vai muito além da imagem do "novelo difuso" dos livros didáticos: cada cromossomo ocupa um território próprio dentro do nucleoplasma, e regiões específicas da fibra de cromatina se ancoram à face interna da carioteca por meio de proteínas da lâmina nuclear, uma malha de filamentos intermediários que reveste a membrana interna e dá sustentação mecânica ao envoltório, além de participar da regulação da expressão gênica ao concentrar ou excluir fatores de transcrição em determinadas zonas.
A cromatina, por sua vez, aparece em dois estados funcionais que explicam por que duas células com o mesmo genoma podem ser tão diferentes: a eucromatina, mais frouxa, rica em genes ativamente transcritos e com histonas acetiladas, e a heterocromatina, mais condensada, com histonas metiladas, associada a sequências repetitivas, centrômeros e telômeros, e cujos genes ficam silenciados — a inativação de um dos cromossomos X nas mulheres, formando o corpúsculo de Barr, é o exemplo clássico de heterocromatina facultativa.
O nucléolo, por sua vez, não é organela membranosa, mas sim um domínio especializado formado pela própria cromatina que carrega os genes de rRNA (regiões organizadoras do nucléolo): ali ocorrem a transcrição do RNA ribossômico pela RNA polimerase I, seu processamento e a montagem das subunidades maior e menor dos ribossomos, que saem pelo poro nuclear e só se unem no citoplasma durante a tradução — daí o nucléolo ser mais evidente em células com intensa síntese proteica, como neurônios e células secretoras. O poro nuclear merece destaque porque não é simples furo: é um complexo proteico gigantesco (o complexo do poro, com cerca de 30 nucleoporinas) que reconhece sequências sinalizadoras, permitindo exportar mRNA maduro e importar proteínas nucleares com gasto de GTP, num trânsito seletivo e unidirecional.
Esse ponto rende questão quando a prova cobra a diferença entre transporte passivo de íons e o transporte ativo de macromoléculas, ou pede que se explique por que o mRNA é processado (splicing, capuz, cauda poli-A) antes de sair do núcleo, evitando tradução de transcritos imaturos.
Na Fuvest e na Unicamp, o tema costuma aparecer associado a expressão gênica e diferenciação celular, exigindo que o aluno relacione condensação da cromatina com atividade transcricional e com o controle do ciclo celular, enquanto o ENEM costuma cobrar a função do nucléolo na síntese proteica e a presença da carioteca como característica exclusiva dos eucariontes, e vestibulares como a Unesp já exploraram a lâmina nuclear em questão sobre a manutenção da forma do núcleo; em questões dissertativas, o erro mais comum é tratar o nucléolo como organela membranosa ou afirmar que a carioteca é uma membrana simples, quando se trata de bicamada lipídica contínua com o retículo endoplasmático e interrompida pelos poros, cuja compreensão integrada é justamente o que esse tópico exige para que se entenda o núcleo como um centro de comando dinâmico e não como um simples saco de DNA.