F1 · Aulas 9–10

Código genético e síntese de proteínas

Síntese de proteínas

Segue o dogma central da biologia molecular: DNA → RNA → proteína, por transcrição e tradução. É o processo pelo qual o gene determina a característica, e explica como uma alteração no DNA se converte em alteração no fenótipo.

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A tradução ocorre no citoplasma, nos ribossomos, e converte a informação contida no RNA mensageiro (RNAm) em uma sequência de aminoácidos. O RNAm é lido em códons, trincas de bases nitrogenadas, e cada códon corresponde a um aminoácido específico, segundo o código genético, que é degenerado (mais de um códon para o mesmo aminoácido), universal e não ambíguo. O RNA transportador (RNAt) traz o aminoácido correto, pareando seu anticódon com o códon do RNAm, enquanto o ribossomo catalisa a ligação peptídica entre aminoácidos sucessivos.

Há ainda os sítios A, P e E do ribossomo, por onde o RNAt entra, doa o aminoácido e sai, respectivamente. O processo começa no códon de início AUG (metionina), termina nos códons de parada (UAA, UAG, UGA) e consome GTP e ATP, evidenciando seu alto custo energético. Como exemplo concreto, considere um segmento de DNA molde TAC GGA TTC, transcrito em RNAm AUG CCU AAG; a tradução produz a sequência metionina–prolina–lisina, ilustrando a correspondência códon–aminoácido.

Código genético

Correspondência entre códons — trincas de bases do RNAm — e aminoácidos. É degenerado ou redundante (um aminoácido pode ter vários códons), universal (praticamente o mesmo em todos os seres vivos) e não ambíguo. São 64 códons: 61 codificantes, mais 3 de parada.

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O código genético funciona como um dicionário molecular que traduz a linguagem dos nucleotídeos do RNA mensageiro na linguagem dos aminoácidos das proteínas, e a chave dessa tradução é a leitura em trincas chamadas códons, sempre no sentido 5'→3' e sem sobreposição nem vírgulas, o que significa que cada base pertence a um único códon e a leitura começa a partir de um ponto fixo, o códon de iniciação AUG, que também codifica metionina. Essa rigidez na fase de leitura explica por que uma simples inserção ou deleção de uma base desloca todo o quadro de leitura a partir do ponto da mutação, gerando uma proteína completamente diferente a jusante — são as chamadas mutações de frameshift, geralmente devastadoras.

Transcrição

Síntese de RNA a partir de um molde de DNA, pela enzima RNA-polimerase. Apenas uma das fitas é transcrita, e o pareamento segue A-U, T-A, C-G, G-C. Ocorre no núcleo dos eucariontes; a molécula produzida é o RNA transcrito primário.

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A transcrição é o primeiro passo da expressão gênica e se distingue da replicação por não precisar de primer, copiar apenas um segmento gênico e usar ribonucleotídeos trifosfatados como substrato, dispensando também a fita complementar como produto final. Nos procariontes, um único tipo de RNA-polimerase (com o fator sigma) reconhece o promotor e inicia a transcrição, formando o transcrito primário que já é funcional; nos eucariontes, existem três polimerases: a RNA-polimerase I sintetiza os RNAr maiores, a II os RNAm (e alguns snRNA), e a III os RNAt e o RNAr 5S, cada uma com promotores e fatores de transcrição específicos. O processo tem três fases: iniciação (ligação ao promotor, muitas vezes com TATA box e fatores gerais), elongação (a bolha de transcrição se move, com pareamento A-U, T-A, C-G e G-C) e terminação (depende de sequências como o sinal de poliadenilação em eucariontes).

Dominar esses pontos — tipos de polimerase, fases, processamento e regulação — é decisivo para resolver questões integradas de genética e biologia molecular, que costumam exigir do candidato tanto a identificação correta das enzimas quanto a previsão das consequências de mutações em promotores ou sítios de splicing sobre a proteína final.

Ribossomo

Organela sem membrana, formada por RNAr e proteínas, com duas subunidades que se unem sobre o RNAm. Possui os sítios A (entrada do RNAt) e P (peptídico). É o local da tradução, e pode estar livre no citosol ou aderido ao retículo granuloso.

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O ribossomo funciona como uma ribozima, pois sua atividade catalítica essencial — a formação da ligação peptídica — é exercida pelo RNAr da subunidade maior, e não por proteínas, o que reforça a hipótese do mundo do RNA na origem da vida. Nas bactérias, as subunidades são 50S e 30S, formando o ribossomo 70S; nos eucariotos, são 60S e 40S, compondo o 80S, diferença numérica explorada pela ação seletiva de antibióticos como a estreptomicina e a tetraciclina, que se ligam ao ribossomo 70S e bloqueiam a tradução bacteriana sem afetar o humano. O ciclo da tradução envolve três etapas: iniciação, com a subunidade menor ligada ao RNAm e ao RNAt iniciador no sítio P; elongação, com o RNAt carregado entrando no sítio A, a ligação peptídica transferindo a cadeia para o aminoácido recém-chegado e a translocação deslocando o ribossomo três bases adiante; e término, quando um códon de parada no sítio A recruta fatores de liberação que desmontam o complexo.

Processamento do RNAm

Splicing: retirada dos íntrons, trechos não codificantes, e emenda dos éxons. Acrescentam-se o cap na extremidade 5' e a cauda poli-A na 3'. O splicing alternativo permite que um mesmo gene origine várias proteínas — o que explica ter poucos genes e muitas proteínas.

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O processamento do RNAm é o conjunto de modificações que o transcrito primário (pré-RNAm) sofre no núcleo antes de virar RNAm maduro e sair para tradução. Além do corte e emenda já citados, ocorre a metilação do cap 5' (uma guanina modificada, o 7-metil-guanosina, ligada por ligação trifosfato "invertida" ao primeiro nucleotídeo do transcrito), essencial para proteção contra nucleases, reconhecimento pelo ribossomo e exportação nuclear, e a poliadenilação na extremidade 3', em que uma sequência sinal (AAUAAA) direciona corte e adição de cerca de 200 adeninas, dando estabilidade e ajudando no transporte. O splicing ocorre no spliceossomo, complexo de snRNPs (pequenas ribonucleoproteínas nucleares, U1, U2, U4, U5, U6), que reconhece sítios específicos nas extremidades dos íntrons: o splicing se dá por dois cortes e formação de um intermediário circular (laço).

O splicing alternativo pode pular éxons, reter íntrons ou escolher sítios alternativos de corte, como no gene da calcitonina, que gera o hormônio calcitonina na tireoide e o neuropeptídeo CGRP nos neurônios, dependendo do tipo celular.

Tradução

Conversão da sequência de códons do RNAm em sequência de aminoácidos, no ribossomo, com o RNAt trazendo os aminoácidos por complementaridade códon-anticódon. Ocorre no citoplasma e divide-se em três etapas: iniciação, alongamento e terminação.

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A tradução é o momento em que a informação genética deixa de ser uma sequência de bases e se materializa em proteína, e para entender isso a fundo você precisa dominar a leitura do RNAm no sentido 5'→3', sempre em trincas chamadas códons, cada uma especificando um aminoácido segundo o código genético, que é degenerado (mais de um códon para o mesmo aminoácido), mas não ambíguo, e inclui o códon de início AUG, que codifica metionina, e os três códons de parada UAA, UAG e UGA, que não codificam aminoácido algum. O ribossomo funciona como uma verdadeira linha de montagem com três sítios, A, P e E: o RNAt carregado entra no sítio A com seu anticódon pareando com o códon exposto, a ligação peptídica se forma entre o aminoácido recém-chegado e a cadeia que estava no sítio P, e o ribossomo desliza um códon por vez, liberando o RNAt descarregado pelo sítio E.

Iniciação

A subunidade menor do ribossomo liga-se ao RNAm e localiza o códon de início AUG, que codifica a metionina. O RNAt correspondente se posiciona no sítio P, e a subunidade maior se acopla, completando o ribossomo funcional.

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A iniciação da tradução é um processo altamente regulado, no qual o ribossomo, o RNAm e o RNAt iniciador se organizam para garantir que a leitura dos códons comece exatamente no ponto correto, pois um erro de fase alteraria toda a proteína resultante. Em procariotos, a subunidade menor 30S liga-se à sequência de Shine-Dalgarno, rica em purinas, situada alguns nucleotídeos antes do códon AUG, posicionando-o no sítio P; fatores de iniciação IF1, IF2 e IF3 estabilizam esse complexo, sendo IF2 uma GTPase que hidrolisa GTP após o acoplamento da subunidade 50S. Já em eucariotos, o mecanismo é mais complexo: o RNAm recebe um capuz 5' de 7-metilguanosina, ao qual se liga o complexo eIF4F, e a subunidade 40S, com o RNAt iniciador carregando metionina, varre o RNAm no sentido 5'→3' até encontrar o primeiro AUG em contexto favorável, processo que consome ATP e GTP e envolve mais de uma dezena de fatores eIF.

Alongamento

Um novo RNAt entra no sítio A, com o anticódon complementar ao códon seguinte. Forma-se a ligação peptídica entre os aminoácidos, o ribossomo desloca-se um códon (translocação) e o RNAt vazio é liberado. O ciclo se repete.

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Durante o alongamento, o ribossomo funciona como uma verdadeira linha de montagem molecular e depende de fatores proteicos acessórios, os fatores de elongação, além de gasto energético: a translocação é movida pela hidrólise de GTP catalisada pelo fator EF-G em bactérias (ou eEF2 em eucariotos), e a própria chegada do aminoacil-RNAt ao sítio A consome GTP pelo fator EF-Tu (eEF1A em eucariotos), o que explica por que a síntese proteica é tão sensível a condições de baixa energia celular. Um ponto que cai muito em prova é a estrutura dos sítios ribossômicos: o sítio P abriga o RNAt com a cadeia peptídica em formação, o sítio A recebe o aminoacil-RNAt e o sítio E é a saída do RNAt descarregado; entender essa geometria é o que permite prever a ordem dos eventos e responder questões sobre inibidores como a puromicina, que se liga ao sítio A e bloqueia o alongamento.

Como exemplo concreto, considere o RNAm com o códon 5'-GGA-3' no sítio A: o RNAt correspondente traz o anticódon 5'-UCC-3' e o aminoácido glicina; após a ligação peptídica e a translocação, o próximo códon a ser lido será 5'-GGA-3' deslocado em uma trinca, e assim por diante até o códon de parada. Aqui vale lembrar que o anticódon se escreve também no sentido 5'→3' e é antiparalelo ao códon, então o emparelhamento correto é 5'-GGA-3' com 5'-UCC-3' (e não 3'-CCU-5', que é apenas a mesma sequência escrita de trás para frente, mas sem o sentido correto).

Terminação

O ribossomo alcança um códon de parada — UAA, UAG ou UGA —, que não codifica aminoácido. Fatores de liberação promovem a soltura do polipeptídeo e a dissociação do ribossomo. Vários ribossomos podem traduzir o mesmo RNAm simultaneamente, formando um polissomo.

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A terminação é o estágio em que o ribossomo precisa reconhecer que a mensagem acabou e, mais do que isso, desmontar toda a maquinaria sem deixar o polipeptídeo preso. O ponto-chave é que nenhum RNA transportador possui anticódon capaz de parear com os três códons de parada, o que transforma essas trincas num verdadeiro "sinal vermelho" molecular: quando o sítio A se depara com UAA, UAG ou UGA, não há aminoacil-RNAt que se encaixe, e a tradução estanca. É aí que entram os fatores de liberação (RF1, RF2 e RF3 em bactérias; eRF1 e eRF3 em eucariotos), proteínas que imitam a forma de um RNAt e ocupam o sítio A, disparando a hidrólise da ligação entre o peptídeo e o RNAt do sítio P e a separação das subunidades ribossômicas.

Como exemplo concreto, imagine um RNAm com a sequência AUG-AAA-UGG-UAA: o ribossomo adiciona metionina, lisina e triptofano e, ao chegar ao UAA, libera um tripeptídeo de apenas três aminoácidos — se houvesse mutação trocando UAA por UAC (tirosina), a proteína ganharia um resíduo extra e só pararia no próximo códon de parada, geralmente produzindo uma cadeia defeituosa. As provas costumam cobrar exatamente esse tipo de raciocínio: pedem para identificar o códon de parada numa sequência de DNA ou RNAm, calcular quantos aminoácidos terá o peptídeo antes da terminação, comparar o efeito de mutações sem sentido (que criam parada precoce) com o de mutações de troca de sentido, ou ainda solicitar a função dos fatores de liberação e a diferença entre terminação e o processo de reciclagem do ribossomo.

Também aparecem questões sobre polissomas e sobre a importância de a terminação ser eficiente para evitar proteínas truncadas.