Classificação
Compreendem os domínios Bacteria e Archaea, antes reunidos no reino Monera — agrupamento hoje abandonado por não ser monofilético. Diferem entre si na parede celular, nos lipídios de membrana e em características moleculares fundamentais.
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A classificação dos procariontes é hoje feita principalmente pela comparação de sequências de RNAr 16S, molécula universal, estável e de evolução lenta, complementada por dados de genômica comparativa, como a presença de genes de histórias e de enzimas metabólicas específicas; foi essa abordagem que revelou que Archaea e Bacteria não são grupos irmãos, pois as arqueas compartilham com os eucariontes um ancestral mais recente do que com as bactérias, o que sustenta a hipótese do eócito e o modelo de dois domínios, com as arqueas mais próximas de nós do que das bactérias, algo que o antigo reino Monera simplesmente não capturava.
Além disso, dentro de cada domínio a taxonomia segue os mesmos critérios da zoologia e botânica, com nomenclatura binomial em itálico e categorias hierárquicas de domínio a espécie, e o Sequenciamento de Genoma Completo tornou-se o padrão-ouro, substituindo testes bioquímicos antigos, como a coloração de Gram, que hoje é apenas um critério auxiliar de identificação clínica e não de classificação evolutiva.